El insistente comentario sobre el mensaje de las iglesias y su identificación con la Iglesia lleva a Beato a encontrarse con otro signo de esta Iglesia: el Arca de Noé. Como acostumbra a hacer en otras ocasiones, no redacta un texto adecuado para hablar de ella, sino que toma directamente el “De Arca Noe” de Gregorio de Elvira, obispo hispano del siglo IV. Es un opúsculo en el que abunda una exégesis explicativa simbólica a partir de la descripción del Génesis. Gregorio de Elvira identifica el Arca con la Iglesia. Noé es Cristo. La paloma es el Espíritu Santo y el cuervo ha de ser negativo, no sólo poruqe devora los cadáveres, sino por su color negro. Hay una larga explicación sobre la división en pisos del interior del arca y una interpretación simbólica, donde se identifica con las mansiones celestiales. Pero, ¿hasta qué punto esta explicación se manifiesta en la imagen de los manuscritos? Williams indica que nunca se pensó esta ilustración para el pequeño tratado hispano, sino que proviene del repertorio bíblico.


Indudablemente, se respeta poco, ya que ni aún los tres niveles que se citan figuran sino en manuscritos que reducen sus posibilidades figurativas, como los Beatos de la Seo de Urgel y de Valcavado, mientras en los restantes de mayor importancia, como el de Magio, el de Gerona o el de Fernando I se aumenta el número de pisos. Además, lo que confiere un carácter muy especial a la imagen es el sorprendente bestiario que ocupa esas estancias. Se debe considerar natural, dado que la Biblia habla de las parejas de todo tipo de animales que se reunieron allí, pero lo cierto es que el comentario de Gregorio de Elvira ni cita a estos seres, mientras que su número es muy significativo, aunque rara vez haya parejas. También es curiosa la forma del arca, en la que el sentido simbólico o significativo prima sobre su proximidad a un objeto real que pudiera sostenerse sobre las aguas. En lo esencial es un pentágono dividido horizontalmente en pisos. La sugerencia de un exterior puede alcanzar dimensiones llamativas en el Beato de Gerona (ff. 102v-103) o algún otro de distinta familia, como se adivina en el Beato de Saint-Sever, pero lo común es que esté reducido a una mención del cuervo carroñero. En los reinos hispanos no parece haberse hecho nunca una copia de Bestiario iluminado. Existe como punto de referencia propia documental san Isidoro de Sevilla, sus Etimologías y otras obras, pero lo cierto es que el único repertorio de figuras de animales de todas clases representados son las Arcas de Noé, especialmente de los beatos, aunque también de alguna Biblia (Biblia de Ávila, de la Biblioteca Nacional, Madrid) u otro manuscrito, como el tardío (siglo XIII) Ximénez de Rada de la Biblioteca de la Universidad Complutense de Madrid.


El arca del Beato de Fernando I es ese pentágono citado cuyos dos lados menores se sitúan como tejado a dos aguas en la zona superior, mientras se abre en el vértice un hueco por el que Noé recoge a la enviada paloma que lleva el ramo de la alegría. Ni siquiera está el cuervo, como se ve en el Beato de Seo de Urgel (f. 82v) muy someramente o en el de Magio (f. 79). A la izquierda de Noé se hallan su mujer y las de sus tres hijos, mientras éstos se encuentran al otro lado. Ocupan, evidentemente, la parte más alta. Luego comienzan los pisos llenos de animales.


Si examinamos todas las arcas de esta familia de manuscritos hasta fines del siglo XI, parece descubrirse la existencia de un modelo primero, pero que se modifica de forma bastante ostensible en lo que se refiere a la distribución de animales. En algunos casos, las semejanzas son casi totales, como entre los Beatos de Valcavado y de la Seo de Urgel, salvo menudas diferencias. Si el de Magio estuviera más cerca que los otros del modelo, habría que aceptar que, con el paso del tiempo, fuera el piso inferior el que ha sufrido menos cambios, así como el superior. En todos se repite la idea de colocar los grandes mamíferos tipo elefantes y camellos, abajo, y las aves, arriba. El Beato de Fernando I tiene cuatro pisos con animales, siendo su número inferior al del Beato de Gerona y al de Magio. En la zona baja no hay nada notable, de modo que encontramos el clásico elefante, un camello o dromedario y algún caballo.


Probablemente sea el segundo piso el que tenga un mayor interés, dentro del mundo de lo imaginario, porque está ocupado por cuatro seres fantásticos. Muy común es el dragón de larga cola, igual que el famoso grifo. Menos frecuente es el león alado que se le opone, muy similar a él en apariencia, trasunto de la forma simbólica del evangelista Marcos o recuerdo de una de las bestias de la visión de Daniel. Sobre todo, el ser más interesante es el de la izquierda, csi sin duda una mantícora. Hay que aclarar que los artistas no siempre supieron con claridad qué animal representaban, sobre todo si era alguno monstruoso, y uno similar a éste se calificó de sirena en un manuscrito del siglo X. No obstante, desde la antigüedad clásica, aunque no lo recoja san Isidoro, la mantícora era un fenómeno de la naturaleza, con cabeza humana, como se ve en la miniatura, cuerpo de león y cola de escorpión. Todavía lo veía así en el siglo XIII Brunetto Latini, pero se encuentra con variantes en los bestiarios, tanto en el texto como en las ilustraciones. En el más antiguo de los románicos conservados (San Petersburgo, Biblioteca Pública, ms. Q.V.I, f. 39) tiene cabeza masculina barbuda y la cola en nada se diferencia de la propia de un león. Sin embargo, en el inglés más tardío de la Bodleian Library de Oxford (ms. Ashmole 1511) su aspecto humano es difícil de percibir, mientras se marcan los grandes dientes de los que se habla en el texto o la cola que, más que de escorpión, tiene algo de decorativa. En la Imago Mundi de Honorio Augustodunensis, que circuló mucho por Europa en el siglo XII, se le dedica un espacio relativamente extenso, dado que son pocos los animales descritos y se incluye en el capítulo de las bestias. Se dice que se alimenta de carne humana. ¿En qué medida se hacen eco nuestros miniaturistas de estas tradiciones luego revisadas en los siglos XI al XIII? Algo hubo de llegar hasta ellos, dado que en ningún otro manuscrito hispano conocido vuelve a representarse.